《民报》第三号号外发表《〈民报〉与〈新民丛报〉辩驳之纲领》，同改良派展开激烈论战。

１９０６年４月２８日，革命党与改良派各以《民报》和《新民业报》为阵地，展开了激烈论战。革命派与改良派之间自１９０３年起即有零星论战发生。４月２８日，《民报》第三期发行号外，郑重其事地列出同《新民业报》之辩驳纲领１２条，并声明“自第四期以下，分类辩驳”。从此，两派论战真刀真枪地全面铺开，海内外２０余家报刊也相继投入论战。双方论争焦点：在民族主义方面，革命派主张政治革命与种族革命并举，改良派则认为二者不相容；在政治革命方面，革命派主张共和，改良派主张立宪；在社会革命方面，革命派提倡“民生主义”，改良派则认为这只是“煽动流民”的宣传。